Behandlingspædagogikken på Godhavn tager udgangspunkt i, at ethvert barn har ret til at blive behandlet individuelt ud fra en særligt tilrettelagt og målrettet behandlingstænkning, der tager højde for barnets historie og følelsesmæssige samt kognitive forudsætninger for at indgå i kontakt og relation med sin omverden.

Således forenes den pædagogiske hverdag med en udviklingspsykologisk viden om barnets forskellige udviklingspotentialer og eventuelle forhindringer for udvikling, og kontakten og tilgangen til det enkelte barn justeres og reguleres løbende i en tæt tværfaglig koordination med såvel pædagoger, skolelærere samt psykologer og evt. psykiatere.