Den anvendte pædagogiske behandling på Godhavn er baseret på holdningen om, at ethvert barn har ret til og behov for at blive forstået og behandlet ud fra dets individuelle vilkår, ressourcer og muligheder. Der findes ikke én sandhed om, hvad der virker for det enkelte barn, og derfor sikrer Godhavn en mangfoldighed i såvel tænkningen som i den konkrete pædagogiske hverdagspraksis. Den pædagogiske behandling praktiseres ud fra en tænkning om at: 

• Barnets udviklingsmuligheder og fremtidige trivselsmuligheder er under så voldsomt pres, at det stiller krav til en differentieret og målrettet behandling for at kunne rette op på barnets fejludvikling, da barnets problemstillinger er komplekse – ofte i form af dobbeltdiagnoser
• Pædagogen arbejder med at håndtere barnets afvisninger i kontaktsammenhænge
• I perioder arbejder pædagogen med at vænne barnet til at være i kontakt forud for, at der arbejdes relationelt mellem barnet og den voksne. 
• Pædagogen rummer og håndterer såvel udadreagerende som indadreagerende adfærd
• Barnet udviklinger sig gennem kontakten til pædagogen, der er empatisk, kontaktskabende, tydelig, grænsesættende og igangsættende. 
• Barnet mødes på daglig basis med en ”ren tavle” af pædagogen i kontaktsammenhænge til trods for eventuelt forudgående konflikter

Den pædagogiske hverdag forenes med en udviklingspsykologisk viden om barnets forskellige udviklingspotentialer og eventuelle forhindringer for udvikling, og kontakten og tilgangen til det enkelte barn justeres og reguleres løbende i en tæt tværfaglig koordination mellem såvel pædagoger, skolelærere samt psykologer og evt. psykiater.