Pædagogikken bag ”Godhavnsmodellen” består i en multifaktoriel behandlingsmodel for børn og unge med psykiske, psykiatrinære og sociale/relationelle problematikker, der kræver et multiteoretisk og metodisk udgangspunkt. Behandlingen tager udgangspunkt i at organisere miljøet og kontakten med barnet på en måde, der til enhver tid sigter mod at skabe optimale udviklingsmuligheder for det enkelte barn sat i forhold til dennes individuelle problematikker og de individuelle udviklingsmål, der er for barnet.

Behandlingen består af en række nøgleprincipper (Godhavnsmodellen), der til sammen udgør et dynamisk og handlende behandlingsmiljø med fokus på udvikling, stimulation og regulering i en tilpasset og robust ramme med klare og justerbare målsætninger – sat i forhold til det enkelte barns udviklingsmuligheder. Det socialpædagogiske behandlingsarbejde tager afsæt i konstante vurderinger af barnet og dets dagsform med fokus på, hvilke situationer der især kan være udløsende for, at barnet får det svært. Den voksne definerer bl.a. hvilket udviklingstrin barnet befinder sig på i en konkret situation samt hvilken pædagogik, der i den pågældende situation med det pågældende barn vil kunne give barnet optimale udviklingsmuligheder, således at dets iboende ressourcer sættes i spil i forhold til et specifikt udviklingsmål i og uden for behandlingsmiljøet.